Akan tetapi, sejak era reformasi bergulir tahun 1998, wilayah kekuasaan Kabupaten Kepulauan Riau pun semakin sedikit (mengecil) seiring dengan munculnya DOB (Daerah Otonom Baru). Bahkan praktis pulau-pulau besar hanya tinggal pulau Bintan, Mapur, Tambelan dan pulau Mantang saja yang masih menjadi wilayah Kabupten Kepulauan riau. Bahkan nama Kabupaten Kepulauan Riau pun harus berubah menjadi Kabupaten Bintan berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor: 5 Tahun 2006 tentang perubahan nama Kabupaten Kepri menjadi Kabupaten Bintan. Artinya, praktis babak baru Kabupaten Bintan dimulai sejak tahun 2006.
Urusan pertanian, yang meliputi sub sektor peternakan, perkebunan, tanaman pangan, hortikultura dan penyuluhan pun mengalami pasang surut perubahan nama, bahkan Perda Nomor 12 Tahun 2005 tentang Organisasi Perangkat daerah yang saat itu masih memisahkan nama-nama sub sektor pertanian menjadi nama dinas tersendiri, seperti dinas peternakan, dinas perkebunan dan kehutanan dan lain sebagainya pun tahun 2008 diganti, dengan perda nomor 7 tahun 2008 tentang pembentukan organisasi dinas daerah kabupaten Bintan.
Berdasarkan perda nomor 7 tahun 2008 urusan pertanian disatukan dengan urusan kehutanan (terjadi peleburan) dengan nama baru, yakni Dinas Pertanian dan Kehutanan kabupaten Bintan. Berikut ini adalah nama-nama kepala OPD (kepala dinas) urusan pertanian sejak terjadi penggabungan tahun 2008.
1. drh. Kartini, M.Si (Tahun 2008 - 2011)
Kepala dinas perempuan pertama yang menjabat menjadi Kepala Dinas Pertanian dan Kehutanan sejak era pertama pemberlakuan perda OPD penggabungan. Berkiprah lama di dinas peternakan saat masih Kabupaten Kepri dan pernah menjabat eselon III di bappeda Bintan dan mendapatkan promosis eselon II nya di Dinas Pertanian dan Kehutanan kabupaten Bintan.
2. Drs. Adi Prihantara, MM (Tahun 2012 - 2013)
Putra asli pacitan jawa Timur yang juga baru pertama kali mendapatkan promosi eselon II nya di Dinas Pertanian dan Kehutanan kabupaten Bintan dan sebelumnya lama menjabat di DPPKAD Kabupaten Bintan.
3. Drs. Ahmad Izhar (Tahun 2014-2016)
Alumnus STPDN (APDN) telah malang melintang memimpin banyak institusi, baik di Kecamatan (menjadi camat) maupun menjadi kepala dinas di instansi lain di lingkungan Pemerintah kabupaten Bintan. Dinas Pertanian dan kehutanan merupakan OPD yang kesekian kalinya dipimpin.
4. Supriyono, SE, M.Si (Tahun 2017- sekarang)
Berdasarkan peraturan pemerintah (PP) Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat daerah, terjadi perubahan dan penarikan urusan, yakni kehutanan yang awalnya menjadi urusan kabupaten/kota dan provinsi saat itu ditarik hanya menjadi kewenangan provinsi saja. oleh sebab itu perda nomor 7 tahun 2008 pun direvisi menjadi Perda Nomor 7 tahun 2016 dan nama OPD pun berubah, yang awalnya bernama dinas pertanian dan kehutanan menjadi Dinas Pertanian Kabupaten Bintan. Era dinas pertanian berdiri sendiri pun dimulai.
